Tư Mã Nguyên Hiển nhiếp chính trong sự vây quanh của những kẻ nịnh bợ, ông bắt đầu có những tham vọng phi thực tế khi muốn chấm dứt mối đe dọa từ thứ sử các châu đối với vị trí của ông. Ông rất tin tưởng quân sư Trương Pháp Thuận (張法順), và cũng cho đưa nhiều người tin cẩn vào trong triều. Trong khi ông có năng lực nhất định, thì theo các sử gia, ông đã làm hoang phí ngân khố triều đình vào các thứ xa xỉ và không chú ý đến gánh nặng mà dân chúng phải gánh chịu. Sau đó vào năm 399, Tôn Ân nhận thấy châu duy nhất còn nằm dưới quyền kiểm soát của triều đình Đông Tấn là Dương Châu (揚州, nay thuộc Chiết Giang và miền nam Giang Tô) đang được Tư Mã Nguyên Hiển quản lý một cách yếu kém, Tôn Ân do vậy đã phát động một cuộc tấn công lớn từ đảo Chu San, nhanh chóng chiếm được gần như toàn bộ Dương Châu và tiến đến kinh thành Kiến Khang. Cuộc nổi loạn Của Tôn Ân nhanh chóng bị Lưu Lao Chi dập tắt, Tôn Ân lại trốn về đảo Chu San song vẫn còn là một mối đe dọa trong nhiều năm sau đó, Dương Châu bị tàn phá nặng nề song Tư Mã Nguyên Hiển vãn bất chấp, ngày càng trở nên phung phí và ngông cuồng.

Vào cuối năm 401, lo sợ trước sức mạnh của Hoàn Huyền (người mà cuối năm 399 đã đánh bại và giết chết Ân Trọng Khạm (殷仲堪) và Dương Thuyên Kì (楊佺期), đoạt lấy lãnh địa của họ và nay kiểm soát trên hai phần ba lãnh thổ Đông Tấn), Tư Mã Nguyên Hiển tuyên bố Hoàn Huyền là một kẻ phản nghịch và ra lệnh tiến hành một cuộc tấn công chống lại Hoàn Huyền. Tuy nhiên, ông phần lớn dựa vào quân của Lưu Lao Chi, còn họ Lưu thì không tin cậy Tư Mã Nguyên Hiển. Trong khi đó, Hoàn Huyền tiến quân về phía đông hướng đến kinh thành, sau khi Hoàn đàm phán với Lưu, Lưu quay sang chống lại Tư Mã Nguyên Hiển. Kiến Khang rơi vào tay Hoàn Huyền, còn Tư Mã Nguyên Hiển và tất cả các cận thần chính bị bắt giữ và hành quyết. Hoàn Huyền cũng cho lưu đày Tư Mã Đạo Tử rồi giết chết, Hoàn Huyền do vậy đã nắm giữ được toàn bộ quyền lực của Đông Tấn. Không tin tưởng họ Lưu, Hoàn Huyền đã tước quyền chỉ huy của ông ta, Lưu Lao Chi sau đó đã cố tiến hành nổi loạn, song các tướng lính của ông đã mệt mỏi với các cuộc nổi loạn lặp đi lặp lại nên đã bỏ rơi ông ta, Lưu Lao Chi sau đó tự vẫn.